Восени 1996 р. розпочала роботу ініціативна група зі створення навчального закладу для студентів різних євангельських деномінацій. У назві школи слово «Таврійський» указувало на її географічне розташування. Слово «християнський» (замість «богословський») відображало прагнення надавати освітні послуги не стільки в богословській сфері, скільки в практичній, а слово «інститут» найкраще вписувалося в культурний контекст національної освіти. На той час уже діяла Рада піклувальників. Першим ректором став П. А. Смоляков. Перший набір у ТХІ відбувся 1997 р. Першими викладачами іституту були як американські пастори (Глен Елліотт, Тім Куп – обидва служителі Християнської церкви Пантано) та професори (Гері Тіффін, Чак Боутман – викладачі Християнського університету HopeInternational), так і українські служителі (Е. П. Синій, С. А. Туркач) та науковці (С. І. Головащенко). 1999 р. було ухвалено рішення про впровадження програм рівня «бакалавр + спеціалізація». Того ж року розпочало роботу очно-заочне відділення. 1999 р. ознаменувався ще однією важливою подією у житті інституту: було створено філію ТХІ в Центральній Азії. У вересні 2002 р. інститутом була придбана з аукціону колишня база відпочинку на березі Дніпра, а навесні 2004 р. там було розпочато будівництво нових корпусів. У зв'язку з придбанням території в Антонівці та початком інтенсивного будівництва 2003 р. відбулася зміна керівництва. П. А. Смолякову було доручено очолити облаштування нової території, а обов'язки ректора виконував С. В. Предит. Переїзд ТХІ на нову територію відбувся в серпні 2005 р. З 2006 року ТХІ розвиває співпрацю із церквами Грузії. Цього ж року Синій В. С. стає ректором ТХІ. 2007 р. здійснено акредитацію програм «Бакалавр християнського керівництва» та «Бакалавр християнської освіти». 2008 р., як відповідь на побажання грузинських братів та сестер, було відкрито філію ТХІ у м. Кварелі. Того ж року на прохання служителів Луганської області ТХІ розпочав навчання групи студентів на базі однієї з церков Луганська за програмою «Капеланське служіння». Яскраві та драматичні сторінки в історії ТХІ пов'язано з відстоюванням права на володіння будинками та спорудами кампусу в Антонівці. Власність, яку було законно придбано на аукціоні, стала предметом рейдерства з використанням судів. Господь захистив ТХІ і звернув ситуацію, що здавалася безнадійною, на благо іституту. У період 2009–2011 рр. було налагоджено партнерство з міжнародною організацією –«Overseas Council International» та відновлено співробітництво з університетом «Hope International» (США). 2010 р. розпочалася співпраця з місією «Read Ministry».

2012 р. на честь 15-річного ювілею було випущено книгу «15 невигаданих історій», в якій зібрано розповіді про п'ятнадцятьох випускників ТХІ, які несуть служіння в різних частинах світу. Цього ж року було відкрито очно-заочну програму «Бакалавр християнського консультування» (у співпраці з університетом «Ріджент», США) та очну місіонерську програму «Глобус». 2013 р. ТХІ почав співпрацювати з міжнародною організацією «Pioneer Bible Translators» (PBT). Унаслідок цього співробітництва було створено організацію «Перекладачі Біблії України» (ПБУ). Цього ж року здійснено акредитацію навчально-консультаційних центрів в Центральній Азії. 2015 н. р. було відкрито молодіжну, капеланську та ромську програми; розпочато партнерство з університетом «Jhonson» (CША) у сфері онлайн навчання. Також ТХІ відкрив трирічну магістерську програму «Магістр християнського керівництва» спільно з Кременчуцькою євангельською семінарією (КЄС). 2016 р. здійснюється відкриття програм «Бакалавр молодіжного і підліткового служіння», «Жіноче служіння», «Дитяче служіння», а також «Магістр християнського керівництва» в навчально-консультаційному центрі (НКЦ) у Центральній Азії. Останніми роками перед повномасштабним вторгненням ТХІ також здійснював соціальне служіння, проводив благодійні різдвяні програми для дітей із малозабезпечених сімей та сімей АТО й дитячі літні табори. Прагнучи знайти можливості для самофінансування, 2015 р. ТХІ придбав ділянку землі у с. Підстепове та розмістив на ній теплиці, де до самого початку повномасштабної російської агресії в них вирощували різноманітні овочі. У вересні 2017 р. ТХІ відсвяткував двадцятиліття своєї діяльності. ТХІ розвиває співпрацю з американськими університетами «Johnson» та «Horizon». Американські партнери допомогли опанувати та використовувати дистанційні форми навчання. 2021 р. ТХІ став першим в Україні євангельським навчальним закладом, який отримав державну ліцензію. Програму «Богослов’я» розроблено проєктною групою Таврійського християнського інституту на основі Стандарту вищої освіти зі спеціальності «Богослов’я» 041 для першого (бакалаврського рівня) вищої освіти. Через військову агресію російської федерації у лютому 2022 р., територію інституту було окуповано й зруйновано, унаслідок чого інститут був евакуйований на підконтрольну Україні територію в м. Івано-Франківськ. Відкривається сертифікатна програма «Молодіжне служіння» в Центральній Азії. Також у цей складний час ТХІ бере участь у тематичних наукових конференціях, присвячених подальшому розвитку євангельської богословської освіти в контексті сьогодення, а саме: «TheoEduAfterBucha», «Особливості християнської освіти в умовах війни». У вересні 2022 р. ТХІ відзначив свій 25-річний ювілей.